污水处理特许服务协议，作为一种特殊的合同形式，用来规范特许权授予方与被授予方之间的权利义务关系。由于合同涉及的是公益性项目，政府需要严格规范项目公司的行为，以保护广大用户的利益；与此同时，协议专营期一般情况下较长，执行过程中潜在风险多，项目公司也需要政府提供必需的支持和承诺，保证项目公司取得应有的收益。因此，特许服务协议合同条款一般较普通合同复杂，如果协议中事先没有规定和处理好相关事项，在发生条款纠纷时，无论对政府还是项目公司而言，都十分不利。如协议不能顺利执行，老百姓的利益会受到损失，政府也会承担政治压力；而项目公司则存在投资不能收回的风险。
污水处理特许服务协议最核心的内容是：项目公司依据授权提供特定区域内的污水处理服务，政府相应的承担支付污水处理费的义务。这一权利义务关系是特务服务协议的前提和基础。围绕这一权利义务关系而进行的一系列对双方行为的规定就构成了特许服务协议的全部内容。
项目公司为了能够履行提供污水处理服务的义务，需要有状况良好的污水处理设施作为提供服务的载体。污水处理设施是由项目公司投资建设还是政府建成后移交给项目公司，对于不同的项目情况则不同。如果由项目公司投资建设，那么项目就必须承担融资、设计、建设的义务。政府为了控制项目前期的风险，可能要求项目公司提供履约保函，以约束项目公司按时、按质的完成处理设施的建设。因此，协议中必须考虑项目投资额、建设工期发生变化的处理措施，如承担的违约责任、水费的调整等；协议中有时还设置政府验收设施质量是否合格的程序，因为设施质量的好坏与项目公司在运营期内能否顺利提供污水处理服务密切相关。而项目公司一般情况下会要求政府在土地、批文、执照等方面提供力所能及的协助，也可能要求政府提供支持函（comfortletter），以表示对项目原则性的支持。如果项目设施是由政府建成后移交给项目公司，与项目公司投资建设相反，项目公司会设定一系列的程序来检验设施是否安全可靠，是否物有所值等，如运行测试、资产评估。
对于项目公司提供污水处理服务而言，政府为保证项目公司在运营期内积极提供高效的服务，并在项目公司故意违约时能够实施有效的惩罚，一般会要求项目公司提供运行维护保函；政府应详细的规定项目公司提供污水处理服务方面的技术性条款，因为商务条款的应用往往要依靠技术性条款设定的标准。如污水处理量如何计量，进出水水质怎样监测，对项目设施运行状况的报告程序，设施修理期间出水水质应达到什么样的水平，处理后污水没有达到标准应如何进行处罚等。
政府还应对整个运营期内项目公司需提供的设施更新改造和资金投入水平做出规定。另外，为降低经营风险，政府往往会要求项目公司进行投保，如财产损失险、利润中断险及第三方责任险。
对于政府支付污水处理费的义务而言，项目公司一般要求政府按照或取或付水量(takeorpay)支付水费，因为项目公司对特定区域内的进厂污水量没有控制能力。但这一点不是绝对的，应与项目公司的投标报价有关。如果报价高，可以要求项目公司自行承担来水量不足的风险，而不必做出按保底水量支付水费的承诺。政府与支付水费相关的义务还有：由于物价原因导致水、电、药等成本因素价格上涨时需要对污水处理费进行调整；发生法律、税收、来水水质、处理标准等政策环境或自然环境变化对项目公司的经营造成实质影响时的补救措施，如对项目公司进行一次性补偿、调整污水处理费或延长专营期等。
围绕上述核心权利义务关系，协议还应规定：项目公司在何种情况发生时可以免除提供合格污水的义务；同样，政府在何种情况下没有支付水费或支付全部水费的义务。一般情况下，不可抗力发生时对协议双方都可免责。协议应详细规定在不可抗力发生时，项目公司应怎样尽可能保证出水水质达标，政府在这种情况按照多少水量、什么价格支付污水处理费等。这类条款尤其需要认真处理，因为这是协议执行时容易发生争议的地方。协议还应设立双方对合同条款的理解发生争议时的争端解决机制。协议中也可能包括协议双方履行主体是否可以转让以及如何转让的规定等。
在专营期结束时，政府应规定项目公司移交污水设施的程序和条件。如双方如何交接、资产完好程度怎样、需无偿提供的流动资产数量、项目公司债务的处理等；如果项目属于非正常情况下的中止，则条款应清楚规定政府应补偿的金额或项目公司应承担的损失等。除了上述内容外，协议中必然会涉及一些通用条款，如保密、通知等。中国泵阀资讯网
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